亚冠淘汰赛进入加时与点球，比赛的胜负往往不再由首发十一人决定。常规时间九十分钟结束，双方跑动数据接近，替补席厚度、加时阶段的换人时机、以及点球大战前五轮的出场顺序，会同时被推到台前。西亚球队常在加时阶段换上第二名外援前锋，东亚球队则更倾向保留一个换人名额给门将，两种思路在近几个赛季的八强与半决赛里反复出现。一旦比赛被拖入点球，体能分配做得好的一方，主罚顺序上反而更容易被对手预判。
一、加时赛的体能拐点
加时赛上下半场各十五分钟，真正的分水岭通常出现在第一百分钟前后。此时球员的冲刺次数会明显下降，MK体育平台中场回追的幅度缩小，防线整体站位比常规时间更靠后。谁的替补席上还有一名能跑满三十分钟的边前卫，谁就能在这段时间维持边路宽度，逼迫对手中卫横向移动。
体能下降直接影响的是防守动作。第一百零五分钟以后，禁区内的一次轻微拉拽或铲球时机偏差，都可能被主裁认定为点球。因此加时赛阶段，教练组往往会要求后腰减少前插，把两名中卫的保护范围压缩到禁区弧顶以内。
一旦加时赛上半场没有丢球，下半场最后十分钟就会出现两种极端，一种是全线退守拖到点球，另一种是压上抢一个绝杀。前者考验的是门将的指挥能力，后者考验的是替补前锋的临门一脚。选择哪一种，通常取决于场上是否还留有一个换人名额。
二、换人名额的使用顺序
常规时间用完五个换人名额的球队，进入加时后一旦出现伤病，只能以少打多。因此多数教练会在第九十分钟前保留一个名额，留给可能受伤的中卫或后腰。这种保守做法在加时赛前十五分钟看不出代价，但到了最后阶段，前场缺少新鲜跑动点的问题就会暴露。
先换前锋还是先换中场，往往决定加时赛的攻守平衡。先换上一名速度型边锋，等于把进攻重心压到边路，中路包抄点减少，传中次数增加。先换上一名防守型中场，则是把节奏拖慢，让比赛尽可能走向点球。两种选择没有绝对对错，取决于本方门将的扑点状态和对方主罚手的习惯。
如果球队在加时赛上半场取得领先，换人就会立即转向防守。此时替补席上能踢中卫的球员价值最高，因为他可以在最后十五分钟顶住对方的高球冲击。反之，如果落后一球，教练组通常会一次性换上两名攻击手，把阵型改成三前锋，代价是边后卫身后的空当被放大。
三、点球主罚顺序的排列
点球大战前五轮，主罚顺序一般遵循三种排法，第一种是把最稳的球员放在第一轮，第二种是放在第五轮，第三种是穿插排列，避免连续两名球员心理压力叠加。多数球队会把脚法最好的中场放在第一轮，因为首罚命中能给后面出场的队友提供参照。
第二轮和第三轮通常安排前锋或边锋，这两轮的对手门将已经看过一次罚球方向，判断会更主动。因此这两名主罚手需要具备变向能力，能够在助跑最后一步改变射门角度。若球队的前锋在加时赛消耗过大，这两轮往往会改由替补出场、体能充沛的球员承担。
第四轮和第五轮是压力最大的两轮，尤其是第五轮，往往决定整场比赛的走向。把最冷静的球员放在第五轮，是一种常见做法，但如果前四轮已经罚丢一个，第五轮的主罚手就要面对必须命中的局面。因此在排列顺序时，教练组通常会把心理素质最好的一到两名球员留到最后两轮。
四、门将的角色与准备
点球大战中，门将的作用不只是扑救，还包括在每次罚球前向主罚手施加心理压力。一些门将会在门线上反复移动，或者故意拖延时间，让对手在助跑前多思考一秒。这些动作虽然不直接影响射门质量，但会打乱主罚手的助跑节奏。
门将的扑救方向通常依靠赛前准备的资料，包括对方球员在联赛和杯赛中的罚球习惯。但资料只能提供概率，真正决定扑救的是门将的启动时机。启动太早会被吊射中路，启动太晚则来不及封堵角度。因此门将在点球大战中需要保持专注，同时避免因为一次判断失误影响后面几轮的心态。
如果门将在加时赛最后阶段受伤，球队又已经用完换人名额，就只能由场上球员临时客串。这种情况下，点球大战的胜负更多取决于主罚手的稳定性，而不是门将的扑救能力。因此多数球队会在替补席上保留一名门将，即使这意味着少一个前场换人名额。
加时赛与点球大战的胜负，很少由单次灵光一现决定。体能分配、换人时机、主罚顺序、门将准备，这些环节在常规时间结束前就已经开始影响比赛走向。哪支球队能在第一百分钟以后仍然保持阵型紧凑，哪支球队就更有可能把比赛拖入自己熟悉的节奏。
点球大战的主罚顺序没有固定公式，但有一个原则不会变，把最稳定的球员放在最需要稳定的那一轮。至于哪一轮最需要稳定，取决于前四轮的罚球结果，也取决于门将当天的手感。
